六神丸自诞生以来，就成为世界名药，早在十九世纪末叶就驰名中外，远销东南亚各国。解放后，又相继畅销苏联、波兰、德国、挪威、加拿大、美国等八十多个国家和地区。
六神丸的发明至今已有三百多年的历史，依然以高质量高疗效而誉满全球，魅力经久不衰，曾多次在全国物资展览会和博览会上获奖，被外国人称为“中国魔药”。别看六神丸颗粒小,却有着强大的清热解毒、消肿止痛的功用,是家庭常备良药之一。民间关于六神丸的来历众说纷纭，主要有以下两种：
1其一是：传说在清朝乾隆年间,苏州有个读书人,名叫雷大升,博学多才,专心钻研医药，他就是后来开创苏州雷允上诵芬堂的老板，雷大升，字允上，当老板还挂牌行医，仍经常外出采药。有一天,他带伙计到深山采药,爬上一个陡坡时,忽然发现不远处的草丛处有一条毒蛇，正盘箍着一只花边碗的癞蛤蟆(即蟾蜍),眼见癞蛤蟆性命难保,伙计想操起锄头要动手,雷老板急忙拦住说：“且慢!观察片时再说。”不多久,那条毒蛇反而渐渐地浑身抽搐,不一会儿僵直而死,然而那只有气无力的癞蛤蟆，也慢慢蠕动起来,最后又蹦又跳自如起来。雷老板感到奇怪，于是与伙计把这只癞蛤蟆捉了回去。经反复琢磨,雷老板终于揭开了这个谜:原来癞蛤蟆身上长有的那些凸起的疙瘩是毒腺,能分泌出白色的毒液,毒蛇是中了癞蛤蟆的毒而死的。
于是,雷大升从癞蛤蟆身上提取出蟾酥,配上牛黄、雄黄、珍珠、麝香、冰片等药,经过反复的研究,最后终于制成了一种用以治疗咽喉肿痛、痈疽疮、无名肿毒,疗效神速的药丸,因确有神效，上市后名声大震,闻名遐迩。雷老板在店堂书写了一副对联以记其事，上联是“蛇攫蛤蟆,欲作佳餐命不保”，下联是“医珍奇遇,精研妙药效非凡”，后经雷氏后人几经改进,变得更加微小效宏，因是采用了六味中药材，便取名六神丸。
2其二是：传说在清朝年间一年江南大旱，粮食欠收，无数难民饥寒交迫。雷允上诵芬堂创始人雷允上见难民卖儿卖女，啼饥叫寒，心如刀割般难受，于是他让学徒支起几口大锅，昼夜煮粥，舍饭舍衣，赈济难民。这一天，时值雷允上舍衣舍饭第四十九天，天近二更，饥民们也陆续散去，伙计收拾好锅碗瓢勺关上大门正要去睡，猛听大门被人擂得“咚咚”响，伙计问道：“是谁何事敲门？”只听门外一老翁答：“我是来舍饭的。”伙计说：“今天舍饭已舍完了，明天早点来吧。”老翁恼怒大吵大闹道：“我上了年纪，腿脚不便，起早走到这里，误了时辰，不给我饭吃，想让我饿死不成！大家都说雷允上是个大善人，看来也是个假善人呀！”伙计见老翁动气，赶忙开门，把老翁请进院里，好言劝道：“我们雷掌柜是真心行善，因为他独生公子患喉症，嗓子肿疼，水米不进，已四五日了，多次求医服药，全无效验。眼看性命难保。就这样，雷掌柜怕喧闹，所以早点歇息了。”老翁闻言把眼一瞪，吼道：“他那儿子就恁主贵？就得把我饿死！他不假善人是啥？”伙计们怎么劝也劝不住。雷允上正在里屋照料儿子，听见前院吵嚷，忙起身来到前院，问过伙计后，上前给老翁赔笑施礼道：“老伯伯请息怒，到客厅叙话。”老翁一见雷允上，怒气全消，呵呵笑道：“好，好，好，雷掌柜果真名不虚传哪。”
雷允上一边陪着老翁往客厅走，一边吩咐伙计去厨房预备饭菜。两人在客厅里喝过几杯茶，伙计把做好的饭菜端上来。老翁也不客气，抄起碗筷大吃大喝。吃完饭，也不道谢，起身告辞道：“老汉向来不白吃人家，今夜打扰掌柜，无物可赠，闻令郎患喉症日久，治疗无效，今我说一药物，服后即愈！”说罢，用食指沾茶水在方桌上写下“珍珠”二字，也不等雷允上相送，飘然出门，转眼不见。雷允上惊得目瞪口呆，半晌说不出话来。正在这时，忽然伙计前来禀报，外面又来一瘸腿老翁，要讨饭吃，雷允上又吩咐伙计去厨房做饭，亲到门前迎接，瘸腿老翁饭饱菜足之后，也不道谢，又用指头沾水写了“牛黄”两字，抽身出门去了。就这样，一个刚走，一个又来，至午夜时分，共来六人，走了六人，说了六种治喉病药物。雷允上行医多年自思今夜之事，决非巧合，必是自己善行感天，天降神仙搭救，忙把六位神仙所写药物记下。
第二天一早，雷允上研究药方后进行配伍成药，煎熬后让儿子服下。这药一剂入喉，顿觉一阵清爽，肿痛渐消，须臾已能张口说话；服药二剂，公子便能吃喝，喜得全家叩谢众仙。于是，他便拿出数千两白银购置药物，研末制丸。因药方系六仙所传，故定名“六神丸”。凡患喉症、烂喉痧、乳蛾肿疼及疔痈疖而登门求药者，一概施舍，分文不取。此药药到病除，声名大振，登门取药的，来信要药的，应接不暇。
3后遇太平军攻克苏州，药铺毁于战火，雷氏后人移居上海在老北门摆药滩，后裔中的雷滋蕃从父亲雷子纯处得到这张家传的秘方，年再次研制用于外症和咽喉炎症颗粒更微小的药丸，这就就是当时名扬一时的“雷滋蕃牌六神丸"，后称为“九芝图牌六神丸”。
六神丸的药方一直是秘密保存着的，外国人尤其日本人始终觊觎六神丸秘方,清朝末年就有多批日本医者到过雷允上诵芬堂，用重金欲购药方，遭到拒绝后，药店又几次遭到偷盗，但药方始终保存完好。l年日寇侵华后，我国苏、沪两地的雷允上药店损失巨大。日本鬼子觊觎六神丸秘方之心不死,又多次上门骚扰勒索。时任雷允上的老板雷征明及时避往上海租界，一躲就是八年。店内员工以老板消失为借口，与日寇巧妙周旋，才保住了六神丸的秘方，直到解放初期，六神丸秘方的传人雷善觉及其妻许兆谷，与当时在清华大学求学的长女，中共*员雷壁芬商量后，将六神丸的秘方捐献给了国家。六神丸是中医药微丸技艺的集中体现，每粒直径＜1.5毫米，粒仅重3.克。
六神丸从选材到泛丸到最后成型均是以人工来完成。泛丸是中药的传统工艺，但要泛制成如六神丸这样小如芥子的丸药，一般的中药行业是做不到的。因此，国家将六神丸的处方、工艺均作为保密的要点，严禁参观、介绍。历代传人一脉相承，更好的保护了它原真的工艺传统。
而且，雷允上六神丸是国家中药绝密保护品种之一。而绝密保护的品种全国只有六种，它们分别是：云南白药、雷允上六神丸、片仔癀、安宫牛黄丸、华佗再造丸、龟龄集。
绝密保护是什么意思呢？这是指一旦泄密会使国家遭受严重危害和重大损失的保密项目，列为国家最高级别。
相传在康熙年间，有个叫雷大升（字允上）的人进京殿试，因病未能如愿，遂弃儒从医，专攻医学。他在走遍全国各地、为人治病的长期实践中，积累了不少民间秘方，著有《金匮辨证》、《要证论略》、《丹丸方论》等书。雷大升在苏州开设的雷允上诵芬堂药铺，集医药于一身。既有坐堂门诊，又研药卖药，名噪姑苏。
年，因江南一带战乱爆发，苏州雷允上药店毁于战火。雷氏后裔重振祖业，在上海分设雷允上诵芬堂药铺。相传同治三年（），绮三房雷子纯根据祖传秘方、经多次试验，开发出用于外症和咽喉炎症的新品种——六神丸，取用名贵药材牛黄、雄黄、珠粉、麝香、冰片、蟾酥6味研末，酒化蟾酥为丸，最后以百草霜为衣而成。对治时邪、病毒、烂喉、丹痞、喉风、喉痈、双单乳蛾、疗疮、对口、痈疽、发背、肠痈、腹疽、乳痈、乳岩及一切无名肿毒确有显著疗效，颗粒微小，为全国首创，不数年间行销全国。由于制作精良，终于成为雷允上的标志性产品。
方剂中的牛黄能清心开窍、清热解毒，具有治疗咽喉肿痛、口舌生疮、痈疔疮毒的作用。珍珠具有解毒生肌的作用，能治疗口疮咽喉肿痛及糜烂等症。中医《圣济总录》书中有将牛黄与珍珠配伍研细末制成珠黄散，吹于咽部可治疗咽喉肿烂、口腔溃疡等症的记载。冰片又名龙脑，是樟脑和松节油等药用化学方法合成的制品，具有清热、止痛、解毒的功效。蟾酥为癞蛤蟆耳后腺分泌和浆液经加工干燥后制成的具有一定的毒性的中药，蟾酥有消肿止痛及解毒除秽的功能，常用于治疗疔疮痈肿、瘰疬疙瘩、咽喉肿痛、齿龈疼痛等症。雄黄也叫石黄，是一种含有硫化的矿石，具有解毒杀虫、燥湿功能。在外科常用于治疗痈疔疮喉风、喉痹、湿疮、疥疹等症。麝香是人们较熟悉的名贵中药，具有通络、消肿、行瘀、止痛的功效，在外科与其他消肿、化瘀、止痛药合用，可治疗红肿痈疖、口咽糜烂等症。
六神丸长期受到医生和病人的珍爱，救治了无数病人，历经数百年而不衰。在应用过程中，通过历代医学家的观察和研究总结，发现了六神丸许多新的治疗作用，特别是近年来在治疗病毒感染性疾病、免疫功能失调性疾病、心脏病、恶性肿瘤等方面的独特疗效，显示出在抗病毒感染、调节人体免疫功能、改善心肺功能、抗肿瘤等多方面的功效，引起人们的