《条例》仅规定了单位与个人缴纳公积金的最低比例，并且允许有条件的地区适当提高缴费比例，因此地方*府就可以在不低于规定的缴费比例条件下，制定本地区的缴费比例。于是，各个地区在公积金缴费比例上就会出现差异，这种差异会使得地区、单位和个人实际缴费额度出现差异，进而对职工的个人收入产生影响。
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《意见稿》中关于源水的表述也曾引发较大争议。《意见稿》将源水改为 来源于地表、地下或公共系统的水 ，增加了地表水一项。而在原标准中，同样的表述为：应符合GB5749《生活饮用水水质标准》，也就是说源水是以自来水标准为基础的。这被认为是标准在对企业源水要求方面的放宽。